ขยะและของเสียของห้องปฏิบัติการมีทั้งของแข็งของเหลว และอาจเป็นสารเคมีหรือวัตถุสิ่งของปนเปื้อนสารเคมีที่เป็นอันตรายหรือเข้าทำปฏิกิริยากันแล้วเกิดอันตราย จึงต้องมีการจำแนกประเภทของของเสียและขยะในการเก็บรวบรวมและกำจัด เพื่อความปลอดภัยจากพิษของสารอันตรายในขยะและของเสีย และป้องกันอันตรายที่เกิดจากการทำปฏิกิริยาระหว่างสารเคมีในของเสีย (chemical incompatibility) รวมทั้ง ลดปริมาณของเสีย และประหยัดงบประมาณการกำจัดของเสียอันตราย
       ขยะและของเสีย สามารถจำแนกประเภทได้ ดังนี้

  1. แยกเป็นกลุ่มขยะของเสียสารเคมีและวัสดุปนเปื้อนสารเคมี กับ ภาชนะบรรจุ
  2. แยกของเสียสารเคมีและวัสดุปนเปื้อน ออกเป็นกลุ่มตามประเภทและระดับความเป็นอันตราย คือกลุ่มที่ไม่อันตรายสามารถทิ้งลงระบบสุขาภิบาล กลุ่มที่สามารถบำบัดก่อนทิ้งหรือส่งกำจัดด้วยวิธีกาที่ถูกต้อง และกลุ่มขยะอันตราย
  3. แยกกลุ่มขยะอันตรายเป็นกลุ่มย่อยตามระบบจำแนกประเภทของเสีย เพื่อกำจัดด้วยวิธีการที่ปลอดภัยสำหรับสารอันตรายแต่ละประเภท เช่น ระบบการจำแนกประเภทของเสีย: จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย  และ ระบบการจำแนกประเภทของเสีย: ศูนย์การจัดการด้านพลังงาน สิ่งแวดล้อม ความปลอดภัยและอาชีวอนามัย (EESH) มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี 

       อย่างไรก็ตามการแยกเก็บของเสียของห้องปฏิบัติการจะไม่เกิดประโยชน์ หากการรวบรวมเพื่อส่งกำจัดขององค์กรไม่เป็นไปตามระบบการจำแนกประเภทของเสีย