ห้องปฏิบัติการต้องมีระบบน้ำดีและระบบน้ำทิ้ง เพื่อจ่ายน้ำสำหรับการใช้งาน และรวบรวมน้ำทิ้งปนเปื้อนสารเคมีออกจากกันเข้าสู่ระบบบำบัดน้ำเสียจากห้องปฏิบัติการ เพื่อป้องกันมิให้สารเคมีแพร่กระจายสู่สิ่งแวดล้อม

      ระบบทั้งสองต้องมีการวางผังและเดินท่ออย่างเป็นระบบ ท่อทำด้วยวัสดุที่เหมาะสมไม่รั่วซึม และไม่เป็นสนิม ข้อต่อส่วนต่างๆ ต้องประสานกันสนิท คุณภาพและแรงดันน้ำประปาต้องอยู่ในเกณฑ์ที่เหมาะสมสำหรับการใช้งานและไม่ทำความเสียหายแก่อุปกรณ์ และควรมีที่เก็บน้ำประปาสำรอง

     สำหรับระบบน้ำทิ้งต้องแยกระบบน้ำทิ้งทั่วไปและน้ำทิ้งปนเปื้อนสารเคมี เพื่อแยกบำบัดก่อนออกสู่รางระบายน้ำสาธารณะ และน้ำเสียต้องระบายออกได้สะดวก หากปริมาณน้ำทิ้งในชั่วโมงการใช้น้ำสูงสุดมีมากกว่าแหล่งรองรับน้ำทิ้งจะรับได้ ต้องมีที่พักน้ำทิ้ง