คู่มือความปลอดภัย ควรมีเนื้อหาเหมาะสมกับห้องปฏิบัติการนั้นๆ เนื้อหาประกอบด้วย

-      ขอบข่ายของระบบการจัดการความปลอดภัย

-      ข้อกำหนดหรือมาตรฐานที่นำมาใช้ในการจัดทำระบบ

-      โครงสร้างการบริหารงาน อำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบ

-      กำหนดวัตถุประสงค์ เป้าหมายของห้องปฏิบัติการในการจัดทำระบบ พร้อมทั้งตัวชี้วัด (ถ้ามี)

-      ขั้นตอนการปฏิบัติงานต่างๆตามที่กำหนดไว้ในข้อกำหนด